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Jun. Prof. Alexander Westermann

Wirt-Pathogen-Mikrobiota Interaktionen

Die Arbeitsgruppe von Alexander Westermann erforscht RNA-basierte Mechanismen, die dem Zusammenspiel zwischen Wirt, Krankheitserregern und der natürlichen Darmflora des Wirts zugrunde liegen. Das Ziel ist es, Moleküle und Stoffwechselwege zu identifizieren, die in der Diagnostik und Therapie von Darminfektionen eingesetzt werden können.

Unsere Forschung

Die aktuelle Antibiotika-Krise macht deutlich, wie dringend der Bedarf an alternativen Behandlungsmöglichkeiten für Infektionskrankheiten ist. RNA-basierte Therapien bieten großes Potenzial für die gezielte Bekämpfung von Darmkeimen bei gleichzeitiger Minimierung von Kollateralschäden an der umgebenden natürlichen Darmflora (Mikrobiota).

Alexander Westmanns Arbeitsgruppe erforscht das komplexe Netzwerk von Interaktionen zwischen humanen Darmmikroben, dem Menschen als Wirt und eindringenden Krankheitserregern während Infektionsprozessen. Ihre Forschung zielt darauf ab, sogenannte nicht-kodierende RNA-Moleküle (ncRNA) und RNA-bindende Proteine im Erreger, dem Wirt und seiner Mikrobiota zu identifizieren und ihre Funktion zu entschlüsseln, um die Entwicklung maßgeschneiderter RNA-basierter Diagnostika und Therapeutika voranzutreiben.

Der aktuelle Schwerpunkt der Arbeitsgruppe liegt auf dem Transkriptom des menschlichen Darmkommensalen Bacteroides thetaiotaomicron und seiner Besiedelung des menschlichen Dickdarms. Dazu entwickeln die Forscher derzeit ein hochkomplexes In-Vitro-Modell des menschlichen Darms aus Organoiden und nutzen RNA-Sequenzierungstechnologien, wie Dual RNA-seq und differentielle RNA-seq. Das übergeordnete Ziel des Teams ist es, neue Zielstrukturen für die Behandlung und Prävention von Darminfektionen zu finden, die auf RNA-Mechanismen basieren.

Team-Mitglieder

Forschungsprojekte

Bakterielle Infektionen höherer Säugetiere sind hoch komplexe biologischen Prozesse, die in der Regel die Interaktion einer Vielzahl verschiedener Organismen umfassen. Wie können bakterielle Krankheitserreger (Pathogene) eine Infektion im Wirt vorantreiben und welche Abwehrmechanismen müssen sie überwinden, um sich anzusiedeln? Welche molekularen Mechanismen vermitteln die Schutzfunktion der Mikrobiota gegenüber einem eindringenden Erreger? Welche Rolle spielen nicht-kodierende RNAs (ncRNAs) im Zusammenspiel von Wirt, Mikrobiota und Pathogen? Diesen und weiteren Fragen widmet sich unsere Arbeitsgruppe.

Unser Forschungsschwerpunkt liegt auf der Identifizierung und funktionellen Charakterisierung von ncRNAs im Darm-Pathogen Salmonella Typhimurium, dem bedeutenden Mikrobiota-Bakterium Bacteroides thetaiotamicron und dem menschlichen Wirt. Wir verwenden modernste RNA-Sequenzierungs- (RNA-seq) Techniken um gezielt RNAs ausfindig zu machen, die zukünftig als Biomarker in Diagnose und Therapie eingesetzt werden können.

Neben der Entwicklung neuer RNA-seq-basierter Technologien für komplexe Infektionssysteme ist es unser Ziel, das Wissen über die Funktionen von nicht-kodierenden, regulatorischen RNA-Molekülen und RNA-bindenden Proteinen in der bakteriellen Krankheitsentstehung (Pathogenese) und Symbiose zu erweitern, indem wir biologische Erkenntnisse aus mechanistischen Studien gewinnen.

 

Publikationen

2021

Cross-species RNA-seq for deciphering host–microbe interactions

Westermann AJ, Vogel J (2021)

Nature Reviews Genetics 22 (6): 361

MAPS integrates regulation of actin-targeting effector SteC into the virulence control network of Salmonella small RNA PinT

Correia Santos S, Bischler T, Westermann AJ, Vogel J (2021)

Cell Reports 34 (5): 10872

2020

A high-resolution transcriptome map identifies small RNA regulation of metabolism in the gut microbe Bacteroides thetaiotaomicron

Ryan D, Jenniches L, Reichardt S, Barquist L, Westermann AJ (2020)

Nature Communications 11: 3557

Dual RNA-seq of Orientia tsutsugamushi informs on host-pathogen interactions for this neglected intracellular human pathogen

Mika-Gospodorz B, Giengkam S, Westermann AJ, Wongsantichon J, Kion-Crosby W, Chuenklin S, Wang LC, Sunyakumthorn P, Sobota RM, Subbian S, …, Barquist L, Salje J (2020)

Nature Communications 11: 3363

An RNA-centric view on gut Bacteroidetes

Ryan D, Prezza G, Westermann AJ (2020)

Biological Chemistry 402 (1): 55-72

A global data-driven census of Salmonella small proteins and their potential functions in bacterial virulence

Venturini E, Svensson SL, Maaß S, Gelhausen R, Eggenhofer F, Li L, Cain AK, Parkhill J, Becher D, Backofen R, …, Westermann AJ, Vogel J (2020)

microLife 1 (1): 597

Triple RNA-Seq Reveals Synergy in a Human Virus-Fungus Co-infection Model

Seelbinder B, Wallstabe J, Marischen L, Weiss E, Wurster S, Page L, Löffler C, Bussemer L, Schmitt A, Wolf T, …, Schäuble S, Loeffler J (2020)

Cell Reports 33 (7): 10838

Amidochelocardin Overcomes Resistance Mechanisms Exerted on Tetracyclines and Natural Chelocardin

Hennessen F, Miethke M, Zaburannyi N, Loose M, Lukežic T, Bernecker S, Hüttel S, Jansen R, Schmiedel J, Fritzenwanker M, …, Herrmann J, Müller R (2020)

Antibiotics 9 (9): 619

Improved bacterial RNA-seq by Cas9-based depletion of ribosomal RNA reads

Prezza G, Heckel T, Dietrich S, Homberger C, Westermann AJ, Vogel J (2020)

RNA 26 (8): 1069-1078

An Advanced Human Intestinal Coculture Model Reveals Compartmentalized Host and Pathogen Strategies during Salmonella Infection

Schulte LN, Schweinlin M, Westermann AJ, Janga H, Santos SC, Appenzeller S, Walles H, Vogel J, Metzger M (2020)

mBio 11 (1): 03348-19

2019

Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Brain Endothelial Cells as a Cellular Model to Study Neisseria meningitidis Infection

Martins Gomes SF, Westermann AJ, Sauerwein T, Hertlein T, Förstner KU, Ohlsen K, Metzger M, Shusta EV, Kim BJ, Appelt-Menzel A, Schubert-Unkmeir A (2019)

Frontiers in Microbiology 10: 1181

The Major RNA-Binding Protein ProQ Impacts Virulence Gene Expression in Salmonella enterica Serovar Typhimurium

Westermann AJ, Venturini E, Sellin ME, Förstner KU, Hardt W, Vogel J (2019)

mBio 10 (1): 02504-18

2018

Salmonella persisters undermine host immune defenses during antibiotic treatment

Stapels DA, Hill PW, Westermann AJ, Fisher RA, Thurston TL, Saliba AE, Blommestein I, Vogel J, Helaine S (2018)

Science 362 (6419): 1156-1160

Toward Cell Type-Specific In Vivo Dual RNA-Seq

Frönicke L, Bronner DN, Byndloss MX, McLaughlin B, Bäumler AJ, Westermann AJ (2018)

In: Carpousis AJ (ed) High-density sequencing applications in microbial molecular genetics, Methods in Enzymology 612: 505-522

Regulatory RNAs in Virulence and Host-Microbe Interactions

Westermann AJ (2018)

Microbiology Spectrum 6 (4): 305-337

MetaMap: an atlas of metatranscriptomic reads in human disease-related RNA-seq data

Simon LM, Karg S, Westermann AJ, Engel M, Elbehery AH, Hense B, Heinig M, Deng L, Theis FJ (2018)

GigaScience 7 (6): 070

CRP-cAMP mediates silencing of Salmonella virulence at the post-transcriptional level

El Mouali Y, Gaviria-Cantin T, Sánchez-Romero MA, Gibert M, Westermann AJ, Vogel J, Balsalobre C (2018)

PLOS Genetics 14 (6): 10074

Host-Pathogen Transcriptomics by Dual RNA-Seq

Westermann AJ, Vogel J (2018)

In: Arluison V., Valverde C. (eds) Bacterial Regulatory RNA, Methods in Molecular Biology 1737: 59-75

2017

P5SM suicide exon for regulating gene expression

Hammond MC, Westermann AJ, Qin Q (2017)

Patent (US9637750B2)

Einzelzell-RNA-Sequenzierung beleuchtet den Infektionsprozess

Saliba AE, Westermann AJ, Vogel J (2017)

BIOspektrum 23 (5): 525-528

RNA target profiles direct the discovery of virulence functions for the cold-shock proteins CspC and CspE

Michaux C, Holmqvist E, Vasicek E, Sharan M, Barquist L, Westermann AJ, Gunn JS, Vogel J (2017)

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 114 (26): 6824-6829

Resolving host-pathogen interactions by dual RNA-seq

Westermann AJ, Barquist L, Vogel J (2017)

PLOS Pathogens 13 (2): 10060

2016

Single-cell RNA-seq ties macrophage polarization to growth rate of intracellular Salmonella

Saliba AE, Li L, Westermann AJ, Appenzeller S, Stapels DA, Schulte LN, Helaine S, Vogel J (2016)

Nature Microbiology 2: 16206

Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host-pathogen interactions

Westermann AJ, Forstner KU, Amman F, Barquist L, Chao Y, Schulte LN, Muller L, Reinhardt R, Stadler PF, Vogel J (2016)

Nature 529 (7587): 496-501

An NK Cell Perforin Response Elicited via IL-18 Controls Mucosal Inflammation Kinetics during Salmonella Gut Infection

Müller AA, Dolowschiak T, Sellin ME, Felmy B, Verbree C, Gadient S, Westermann AJ, Vogel J, LeibundGut-Landmann S, Hardt W (2016)

PLOS Pathogens 12 (6): 10057

Molecular phenotyping of infection-associated small non-coding RNAs

Barquist L, Westermann AJ, Vogel J (2016)

Philosophical Transactions of the Royal Society of London B: Biological Sciences 371 (1707): 20160

2015

Dual 3'Seq using deepSuperSAGE uncovers transcriptomes of interacting Salmonella enterica Typhimurium and human host cells

Afonso-Grunz F, Hoffmeier K, Müller S, Westermann AJ, Rotter B, Vogel J, Winter P, Kahl G (2015)

BMC Genomics 16: 323

2014

Single-cell RNA-seq: advances and future challenges

Saliba AE, Westermann AJ, Gorski SA, Vogel J (2014)

Nucleic Acids Research 42 (14): 8845-60

2013

Differential activation and functional specialization of miR-146 and miR-155 in innate immune sensing

Schulte LN, Westermann AJ, Vogel J (2013)

Nucleic Acids Research 41 (1): 542-53

2012

Dual RNA-seq of pathogen and host

Westermann AJ, Gorski SA, Vogel J (2012)

Nature Reviews Microbiology 10 (9): 618-30

Transgene regulation in plants by alternative splicing of a suicide exon

Hickey SF, Sridhar M, Westermann AJ, Qin Q, Vijayendra P, Liou G, Hammond MC (2012)

Nucleic Acids Research 40 (10): 4701-10

2010

Polypyrimidine tract-binding protein homologues from Arabidopsis underlie regulatory circuits based on alternative splicing and downstream control

Stauffer E, Westermann A, Wagner G, Wachter A (2010)

The Plant journal : for cell and molecular biology 64 (2): 243-55