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Prof. Chase Beisel

Synthetische RNA-Biologie

Unsere Forschung

Die Arbeitsgruppe von Chase Beisel arbeitet an der Schnittstelle von CRISPR-Biologie und -Technologien. Sie erforschen die funktionelle Vielfalt von CRISPR-Cas-Immunsystemen, um neue Technologien zu entwickeln, die zum besseren Verständnis, zur Diagnose und zur Behandlung von Infektionen des Menschen eingesetzt werden können.

Die Entdeckung der CRISPR-Cas-Immunsysteme in Mikroorganismen hat zur Entwicklung revolutionärer Werkzeuge zur Genom-Editierung und vieler anderen Anwendungen mit gesellschaftlichem Nutzen geführt. In der Infektionsbiologie können CRISPR-Werkzeuge zur Untersuchung von Krankheitserregern, der Mikrobiota und menschlichen Zellen, aber auch zur Diagnose und Behandlung von Infektionen eingesetzt werden.

Chase Beisels Team nutzt den Ansatz der synthetischen Biologie, um zu untersuchen, wie diese Immunsysteme funktionieren und wie sie in Technologien umgewandelt werden können. Erforscht werden die Eigenschaften der Immunsysteme mit Hilfe von zellfreien Transkriptions-Translations-Systemen sowie E. coli und anderen Bakterien, die diese Systeme in sich tragen. Außerdem setzen die Forscher standardmäßig Hochdurchsatzverfahren wie Next-Generation-Sequencing und Bibliotheks-Screenings ein, um umfangreiche Informationen aus individuellen Experimenten zu sammeln.

Die Arbeitsgruppe hat bereits eine Reihe wichtiger CRISPR-basierter Technologien entwickelt und optimiert, einschließlich der Verwendung von CRISPR für Genom-Editierung und Genregulation in Bakterien, für Multi-Test-Diagnostika und für maßgeschneiderte antimikrobielle Wirkstoffe. Ihr Ziel ist es, CRISPR-Technologien zu nutzen, um unser Verständnis von menschlichen Infektionen zu vertiefen und diagnostische Werkzeuge zusammen mit maßgeschneiderten therapeutischen Ansätzen zu entwickeln.

Team-Mitglieder

Chase Beisel

Prof. Chase Beisel

Gruppenleiter

Tatjana Achmedov

Tatjana Achmedov

Labormanagerin

Adini Arifah

Adini Arifah

Doktorandin

Charlotte Kamm

Charlotte Kamm

Doktorandin

Darshana Gupta

Darshana Gupta

Doktorandin

Frank Englert

Frank Englert

Doktorand

Thomas Gaudin

Thomas Gaudin

Doktorand

Xiye Chen

Xiye Chen

Doktorand

Isabell Köblitz

Isabell Köblitz

Technische Assistentin

Jiaqi Yu

Jiaqi Yu

Technische Assistentin

Rachael Larose

Rachael Larose

Technische Assistentin

Yanyan Wang

Dr. Yanyan Wang

Technische Assistentin

Forschungsprojekte

RNA wird traditionell als passiver Informationsträger angesehen. Dieser verbindet unsere genomischen Baupläne mit dem Set an Proteinen, die das Verhalten jeder Zelle bestimmen. Die neueste Forschung hat jedoch eine Vielzahl weiterer Funktionen der RNA entdeckt, die unser Verständnis dieses vielseitigen Biomoleküls stetig erweitern, etwa in Bezug auf die Art, wie RNA die Gewebeentwicklung steuert oder Bakterien unterstützt, ihre Umgebung wahrzunehmen und auf diese zu reagieren. Aus biotechnologischer Sicht bietet jede solcher Entdeckungen die Möglichkeit, neue Technologien zu entwickeln, um Krankheiten besser verstehen und effizient behandeln zu können.

Eines der wichtigsten Beispiele dafür war die Entdeckung von RNAs, die an den adaptiven Immunsystemen in Bakterien und Archaeen beteiligt sind. Sie werden als CRISPR-Cas-Systeme bezeichnet. Diese Systeme setzen RNAs zur Identifizierung übereinstimmender „eigennütziger genetischer Elemente“ ein. Diese Elemente sind darauf aus, die Mikroben zu infizieren. Diese Eigenschaft wurde für die Entwicklung von Werkzeugen genutzt, die es ermöglichen, einfach und selektiv übereinstimmende DNA-Sequenzen zu schneiden. Das hat unsere Fähigkeit revolutioniert, DNA-Sequenzen nach Belieben zu bearbeiten – etwa für die bakterienbasierte industrielle Herstellung von Medikamenten oder zur Heilung ansonsten unbehandelbarer genetischer Erkrankungen. Dieselben CRISPR-Technologien können auch angewandt werden, um Virusinfektionen schnell und kostengünstig zu diagnostizieren. Sie dienen dabei als maßgeschneiderte Antiinfektiva, die zielgerichtet bestimmte Krankheitserreger bekämpfen, aber unsere normale (kommensale) Mikrobiota schonen.

CRISPR-Technologien bergen ein enormes Potenzial, basieren aber auf Immunsystemen, die wir längst noch nicht im Detail verstehen. Die Arbeitsgruppe untersucht die ganze Vielfalt dieser Immunsysteme in der Natur, um herauszufinden, wie sich die Funktionen zum Schutz von Mikroben gegen „Eindringlinge" entwickelt haben. Die Erkenntnisse der AG Beisel liefern einen wertvollen Beitrag zur Erforschung von Infektionskrankheiten und zur Bekämpfung multiresistenter Krankheitserreger.

Im Fokus

Wie ein Schweizer Taschenmesser

Es war eine unerwartete Entdeckung, die HIRI-Wissenschaftler:innen aus dem Beisel-Labor in Kooperation mit Forschenden in den USA gemacht haben: Sie haben eine Nuklease gefunden, die eine gänzlich neue Art der CRISPR-Immunabwehr darstellt. Die Erkenntnisse könnten neue CRISPR-Technologien unter anderem für die molekularbiologische Diagnostik hervorbringen und wurden im Fachmagazin Nature veröffentlicht.
 

Weitere Informationen

 

Publikationen

2024

Improved prediction of bacterial CRISPRi guide efficiency from depletion screens through mixed-effect machine learning and data integration

Yu Y, Gawlitt S, de Andrade E Sousa LB, Merdivan E, Piraud M, Beisel CL, Barquist L (2024)

Genome Biology 25 (1): 13

2023

Interrogating two extensively self-targeting Type I CRISPR-Cas systems in Xanthomonas albilineans reveals distinct anti-CRISPR proteins that block DNA degradation

Wimmer F, Englert F, Wandera KG, Alkhnbashi OS, Collins SP, Backofen R, Beisel CL (2023)

Nucleic Acids Research (Online ahead of print)

A predicted CRISPR-mediated symbiosis between uncultivated archaea

Esser SP, Rahlff J, Zhao W, Predl M, Plewka J, Sures K, Wimmer F, Lee J, Adam PS, McGonigle J, …, Zhang Y, Probst AJ (2023)

Nature Microbiology 8 (9): 1619-1633

Systematically attenuating DNA targeting enables CRISPR-driven editing in bacteria

Collias D, Vialetto E, Yu J, Co K, Almási ÉDH, Rüttiger AS, Achmedov T, Strowig T, Beisel CL (2023)

Nature Communications 14 (1): 680

RNA targeting unleashes indiscriminate nuclease activity of CRISPR-Cas12a2

Bravo JPK, Hallmark T, Naegle B, Beisel CL, Jackson RN, Taylor DW (2023)

Nature 613 (7944): 582-587

Cas12a2 elicits abortive infection through RNA-triggered destruction of dsDNA

Dmytrenko O, Neumann GC, Hallmark T, Keiser DJ, Crowley VM, Vialetto E, Mougiakos I, Wandera KG, Domgaard H, Weber J, …, Jackson RN, Beisel CL (2023)

Nature 613 (7944): 588-594

RNA recording in single bacterial cells using reprogrammed tracrRNAs

Jiao C, Reckstadt C, König F, Homberger C, Yu J, Vogel J, Westermann AJ, Sharma CM, Beisel CL (2023)

Nature Biotechnology 41 (8): 1107-1116

SND1 binds SARS-CoV-2 negative-sense RNA and promotes viral RNA synthesis through NSP9

Schmidt N, Ganskih S, Wei Y, Gabel A, Zielinski S, Keshishian H, Lareau CA, Zimmermann L, Makroczyova J, Pearce C, …, Erhard F, Munschauer M (2023)

Cell 186 (22): 4834-4850.e23

Shortened CRISPR-Cas9 arrays enable multiplexed gene targeting in bacteria from a smaller DNA footprint

Gawlitt S, Liao C, Achmedov T, Beisel CL (2023)

RNA Biology 20 (1): 666-680

For the CRISPR Fan(zor)atics: RNA-guided DNA endonucleases discovered in eukaryotes

Patinios C, Beisel CL (2023)

Molecular Cell 83 (17): 3046-3048

Optimized metrics for orthogonal combinatorial CRISPR screens

Cetin R, Wegner M, Luwisch L, Saud S, Achmedov T, Süsser S, Vera-Guapi A, Müller K, Matthess Y, Quandt E, …, Beisel CL, Kaulich M (2023)

Scientific Reports 13 (1): 7405

2022

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

Wu WY, Mohanraju P, Liao C, Adiego-Pérez B, Creutzburg SCA, Makarova KS, Keessen K, Lindeboom TA, Khan TS, Prinsen S, …, Beisel CL, van der Oost J (2022)

Molecular Cell 82 (23): 4487-4502.e7

Anti-CRISPR prediction using deep learning reveals an inhibitor of Cas13b nucleases

Wandera KG, Alkhnbashi OS, Bassett HVI, Mitrofanov A, Hauns S, Migur A, Backofen R, Beisel CL (2022)

Molecular Cell 82 (14): 2714-2726.e4

A target expression threshold dictates invader defense and prevents autoimmunity by CRISPR-Cas13

Vialetto E, Yu Y, Collins SP, Wandera KG, Barquist L, Beisel CL (2022)

Cell Host & Microbe 3128 (22): 00273-6

CRISPR memories in single cells

Sparmann A BC (2022)

Molecular Systems Biology 18 (4): e11011

Rapid cell-free characterization of multi-subunit CRISPR effectors and transposons

Wimmer F, Mougiakos I, Englert F, Beisel CL (2022)

Molecular Cell 82 (6): 1210-1224.e6

Spacer prioritization in CRISPR-Cas9 immunity is enabled by the leader RNA

Liao C, Sharma S, Svensson SL, Kibe A, Weinberg Z, Alkhnbashi OS, Bischler T, Backofen R, Caliskan N, Sharma CM, Beisel CL (2022)

Nature Microbiology 7 (4): 530-541

Cell-Free Protein Synthesis from Exonuclease-Deficient Cellular Extracts Utilizing Linear DNA Templates

Sabeti Azad M, Cardoso Batista A, Faulon JL, Beisel CL, Bonnet J, Kushwaha M (2022)

Journal of Visualized Experiments (186): e64236

Reprogramming TracrRNAs for Multiplexed RNA Detection

Jiao C, Beisel CL (2022)

Methods in Molecular Biology 2518: 217-235

Beneficial commensal bacteria promote Drosophila growth by downregulating the expression of peptidoglycan recognition proteins

Gallo M, Vento JM, Joncour P, Quagliariello A, Maritan E, Silva-Soares NF, Battistolli M, Beisel CL, Martino ME (2022)

iScience 25 (6): 104357

Genome Editing with Cas9 in Lactobacilli

Vento JM BC (2022)

Methods in Molecular Biology 2479: 245-261

Rapidly Characterizing CRISPR-Cas13 Nucleases Using Cell-Free Transcription-Translation Systems

Wandera KG, Beisel CL (2022)

Methods in Molecular Biology 2404: 135-153

Differentially Optimized Cell-Free Buffer Enables Robust Expression from Unprotected Linear DNA in Exonuclease-Deficient Extracts

Batista AC, Levrier A, Soudier P, Voyvodic PL, Achmedov T, Reif-Trauttmansdorff T, DeVisch A, Cohen-Gonsaud M, Faulon JL, Beisel CL, Bonnet J, Kushwaha M (2022)

ACS Synthetic Biology 11 (2): 732-746

A TXTL-Based Assay to Rapidly Identify PAMs for CRISPR-Cas Systems with Multi-Protein Effector Complexes

Wimmer F, Englert F, Beisel CL (2022)

Methods in Molecular Biology 2433: 391-411

2021

Illuminating the path to DNA repair

Gupta D, Beisel CL (2021)

Cell 184 (22): 5503-5505

The tracrRNA in CRISPR Biology and Technologies

Liao C, Beisel CL (2021)

Annual Review of Genetics 55: 161-181

A genetically encoded anti-CRISPR protein constrains gene drive spread and prevents population suppression

Taxiarchi C, Beaghton A, Don NI, Kyrou K, Gribble M, Shittu D, Collins SP, Beisel CL, Galizi R, Crisanti A (2021)

Nature Communications 12 (1): 3977

CRISPR transposons on the move

Mougiakos I, Beisel CL (2021)

Cell Host & Microbe 29 (5): 675-677

Noncanonical crRNAs derived from host transcripts enable multiplexable RNA detection by Cas9

Jiao C, Sharma S, Dugar G, Peeck NL, Bischler T, Wimmer F, Yu Y, Barquist L, Schoen C, Kurzai O, Sharma CM, Beisel CL (2021)

Science 372 (6545): 941-948

Sequence-independent RNA sensing and DNA targeting by a split domain CRISPR-Cas12a gRNA switch

Collins SP, Rostain W, Liao C, Beisel CL (2021)

Nucleic Acids Research 49 (5): 2985-2999

CRISPR technologies and the search for the PAM-free nuclease

Collias D, Beisel CL (2021)

Nature Communications 12 (1): 555

Coupling smartphone and CRISPR–Cas12a for digital and multiplexed nucleic acid detection

Yu T, Zhang S, Matei R, Marx W, Beisel CL, Wei Q (2021)

American Institute of Chemical Engineers Journal 67 (12): 17399‐17405

A Hyperthermoactive-Cas9 Editing Tool Reveals the Role of a Unique Arsenite Methyltransferase in the Arsenic Resistance System of Thermus thermophilus HB27

Gallo G, Mougiakos I, Bianco M, Carbonaro M, Carpentieri A, Illiano A, Pucci P, Bartolucci S, van der Oost J, Fiorentino G (2021)

mBio 12 (6): e0281321

In Situ Biomanufacturing of Small Molecules in the Mammalian Gut by Probiotic Saccharomyces boulardii

Durmusoglu D, Al'Abri IS, Collins SP, Cheng J, Eroglu A, Beisel CL, Crook N (2021)

ACS Synthetic Biology 10 (5): 1039-1052

A Code of Ethics for Gene Drive Research

Annas GJ, Beisel CL, Clement K, Crisanti A, Francis S, Galardini M, Galizi R, Grünewald J, Immobile G, Khalil AS, …, Taxiarchi C, Joung JK (2021)

The CRISPR journal 4 (1): 19-24

2020

A positive, growth-based PAM screen identifies noncanonical motifs recognized by the S. pyogenes Cas9

Collias D, Leenay RT, Slotkowski RA, Zuo Z, Collins SP, McGirr BA, Liu J, Beisel CL (2020)

Science Advances 6 (29): eabb4054

Characterization of Cas12a nucleases reveals diverse PAM profiles between closely-related orthologs

Jacobsen T, Ttofali F, Liao C, Manchalu S, Gray BN, Beisel CL (2020)

Nucleic Acids Research 48 (10): 5624-5638

Rapid Testing of CRISPR Nucleases and Guide RNAs in an E. coli Cell-Free Transcription-Translation System

Marshall R, Beisel CL, Noireaux V (2020)

STAR Protocols 1 (1): 100003

Tunable self-cleaving ribozymes for modulating gene expression in eukaryotic systems

Jacobsen T, Yi G, Al Asafen H, Jermusyk AA, Beisel CL, Reeves GT (2020)

PLOS One 15 (4): e0232046

Competitive exclusion is a major bioprotective mechanism of lactobacilli against fungal spoilage in fermented milk products

Siedler S, Rau MH, Bidstrup S, Vento JM, Aunsbjerg SD, Bosma EF, McNair LM, Beisel CL, Neves AR (2020)

Applied and Environmental Microbiology 86 (7): e02312-19

CRISPR-Cas Systems and the Paradox of Self-Targeting Spacers

Wimmer F, Beisel CL (2020)

Frontiers in Microbiology 10: 3078

2019

Targeted transcriptional modulation with type I CRISPR-Cas systems in human cells

Pickar-Oliver A, Black JB, Lewis MM, Mutchnick KJ, Klann TS, Gilcrest KA, Sitton MJ, Nelson CE, Barrera A, Bartelt LC, …, Barrangou R, Gersbach CA (2019)

Nature Biotechnology 37 (12): 1493-1501

Modular one-pot assembly of CRISPR arrays enables library generation and reveals factors influencing crRNA biogenesis

Liao C, Ttofali F, Slotkowski RA, Denny SR, Cecil TD, Leenay RT, Keung AJ, Beisel CL (2019)

Nature Communications 10: 2948

An educational module to explore CRISPR technologies with a cell-free transcription-translation system

Collias D, Marshall R, Collins SP, Beisel CL, Noireaux V (2019)

Synthetic Biology 4 (1): 156

CRATES: A one-step assembly method for Class 2 CRISPR arrays

Liao C, Slotkowski RA, Beisel CL (2019)

Methods In Enzymology 629: 493-511

Barriers to genome editing with CRISPR in bacteria

Vento JM, Crook N, Beisel CL (2019)

Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology 46 (9-10): 1327-1341

Characterization of the all-E. coli transcription-translation system myTXTL by mass spectrometry

Garenne D, Beisel CL, Noireaux V (2019)

Rapid Communications In Mass Spectrometry 33 (11): 1036-1048

Distinct timescales of RNA regulators enable the construction of a genetic pulse generator

Westbrook A, Tang X, Marshall R, Maxwell CS, Chappell J, Agrawal DK, Dunlop MJ, Noireaux V, Beisel CL, Lucks J, Franco E (2019)

Biotechnology and Bioengineering 116 (5): 1139-1151

An enhanced assay to characterize anti-CRISPR proteins using a cell-free transcription-translation system

Wandera KG, Collins SP, Wimmer F, Marshall R, Noireaux V, Beisel CL (2019)

Methods 172: 42-50

The Acidaminococcus sp. Cas12a nuclease recognizes GTTV and GCTV as non-canonical PAMs

Jacobsen T, Liao C, Beisel CL (2019)

FEMS Microbiology Letters 366 (8): pii: fnz085

2018

Bacterial Adaptation to the Host's Diet Is a Key Evolutionary Force Shaping Drosophila-Lactobacillus Symbiosis

Martino ME, Joncour P, Leenay R, Gervais H, Shah M, Hughes S, Gillet B, Beisel CL, Leulier F (2018)

Cell Host & Microbe 24 (1): 109-119.e6

CRISPR tool puts RNA on the record

Beisel CL (2018)

Nature 562 (7727): 347-349

Rapid and Scalable Characterization of CRISPR Technologies Using an E. coli Cell-Free Transcription-Translation System

Marshall R, Maxwell CS, Collins SP, Jacobsen T, Luo ML, Begemann MB, Gray BN, January E, Singer A, He Y, Beisel CL, Noireaux V (2018)

Molecular Cell 69 (1): 146-157.e3

CRISPR RNA-Dependent Binding and Cleavage of Endogenous RNAs by the Campylobacter jejuni Cas9

Dugar G, Leenay RT, Eisenbart SK, Bischler T, Aul BU, Beisel CL, Sharma CM (2018)

Molecular Cell 69 (5): 893-905.e7

Advances in CRISPR Technologies for Microbial Strain Engineering

Alper HS, Beisel CL (2018)

Biotechnology Journal 13 (9): e1800460

Synthetic Biology Approaches to Engineer Probiotics and Members of the Human Microbiota for Biomedical Applications

Bober JR, Beisel CL, Nair NU (2018)

Annual Review of Biomedical Engineering 20: 277-300

Mathematical Modeling of RNA-Based Architectures for Closed Loop Control of Gene Expression

Agrawal DK, Tang X, Westbrook A, Marshall R, Maxwell CS, Lucks J, Noireaux V, Beisel CL, Dunlop MJ, Franco E (2018)

ACS Synthetic Biology 7 (5): 1219-1228

A detailed cell-free transcription-translation-based assay to decipher CRISPR protospacer-adjacent motifs

Maxwell CS, Jacobsen T, Marshall R, Noireaux V, Beisel CL (2018)

Methods 143: 48-57

Genome Editing with CRISPR-Cas9 in Lactobacillus plantarum Revealed That Editing Outcomes Can Vary Across Strains and Between Methods

Leenay RT, Vento JM, Shah M, Martino ME, Leulier F, Beisel CL (2018)

Biotechnology Journal 14 (3): e1700583

The Francisella novicida Cas12a is sensitive to the structure downstream of the terminal repeat in CRISPR arrays

Liao C, Slotkowski RA, Achmedov T, Beisel CL (2018)

RNA Biology 16 (4): 404-412

2017

Deciphering, Communicating, and Engineering the CRISPR PAM

Leenay RT, Beisel CL (2017)

Journal of Molecular Biology 429 (2): 177-191

Toward a genetic tool development pipeline for host-associated bacteria

Waller MC, Bober JR, Nair NU, Beisel CL (2017)

Current Opinion in Microbiology 38: 156-164

Short DNA containing χ sites enhances DNA stability and gene expression in E. coli cell-free transcription-translation systems

Marshall R, Maxwell CS, Collins SP, Beisel CL, Noireaux V (2017)

Biotechnology and Bioengineering 114 (9): 2137-41

Advancing the design and delivery of CRISPR antimicrobials

Fagen JR, Collias D, Singh AK, Beisel CL (2017)

Current Opinion in Biomedical Engineering 4: 57-64

2016

The CRISPR RNA-guided surveillance complex in Escherichia coli accommodates extended RNA spacers

Luo ML, Jackson RN, Denny SR, Tokmina-Lukaszewska M, Maksimchuk KR, Lin W, Bothner B, Wiedenheft B, Beisel CL (2016)

Nucleic Acids Research 44 (15): 7385-94

Identifying and Visualizing Functional PAM Diversity across CRISPR-Cas Systems

Leenay RT, Maksimchuk KR, Slotkowski RA, Agrawal RN, Gomaa AA, Briner AE, Barrangou R, Beisel CL (2016)

Molecular Cell 62 (1): 137-47

SBE Supplement: Synthetic Biology – Engineering Genes with CRISPR-Cas9

Luo ML, Beisel CL (2016)

American Institute of Chemical Engineers

Synthetic Biology - Engineering Genes with CRISPR-Cas9

Luo ML, Beisel CL (2016)

CEP Magazine September

Rethinking the Hierarchy of Sugar Utilization in Bacteria

Beisel CL, Afroz T (2016)

Journal of Bacteriology 198 (3): 374-376

Current and future prospects for CRISPR-based tools in bacteria

Luo ML, Leenay RT, Beisel CL (2016)

Biotechnology and Bioengineering 113 (5): 930-43

2015

Self‐Assembled DNA Nanoclews for the Efficient Delivery of CRISPR–Cas9 for Genome Editing

Sun W, Ji W, Hall JM, Hu Q, Wang C, Beisel CL, Gu Z (2015)

Angewandte Chemie International Edition 54 (41): 12029-33

Integrative, ligand-responsive microRNAs

Smolke CD, Beisel CL (2015)

Patent (US9145555B2)

Trade-offs in engineering sugar utilization pathways for titratable control

Afroz T, Biliouris K, Boykin KE, Kaznessis Y, Beisel CL (2015)

ACS Synthetic Biology 4 (2): 141-9

Impact of Residual Inducer on Titratable Expression Systems

Afroz T, Luo ML, Beisel CL (2015)

PLOS One 10 (9): e0137421

Repurposing endogenous type I CRISPR-Cas systems for programmable gene repression

Luo ML, Mullis AS, Leenay RT, Beisel CL (2015)

Nucleic Acids Research 43 (1): 674-81

2014

A CRISPR design for next-generation antimicrobials

Beisel CL, Gomaa AA, Barrangou R (2014)

Genome Biology 15 (11): 516

Guide RNA functional modules direct Cas9 activity and orthogonality

Briner AE, Donohoue PD, Gomaa AA, Selle K, Slorach EM, Nye CH, Haurwitz RE, Beisel CL, May AP, Barrangou R (2014)

Molecular Cell 56 (2): 333-339

Construction of ligand-responsive microRNAs that operate through inhibition of Drosha processing

Beisel CL, Bloom RJ, Smolke CD (2014)

In: Artificial Riboswitches (ed Ogawa A), Methods Mol Biol 1111: 259-67

Bacterial sugar utilization gives rise to distinct single-cell behaviours

Afroz T, Biliouris K, Kaznessis Y, Beisel CL (2014)

Molecular Microbiology 93 (6): 1093-1103

Programmable removal of bacterial strains by use of genome-targeting CRISPR-Cas systems

Gomaa AA, Klumpe HE, Luo ML, Selle K, Barrangou R, Beisel CL (2014)

mBio 5 (1): e00928-13

2013

Modular polynucleotides for ligand-controlled regulatory systems

Smolke CD, Win MN, Beisel CL (2013)

Patent (US8367815B2)

Understanding and exploiting feedback in synthetic biology

Afroz T, Beisel CL (2013)

Chemical Engineering Science 103: 79-90

2012

Multiple factors dictate target selection by Hfq-binding small RNAs

Beisel CL, Updegrove TB, Janson BJ, Storz G (2012)

The EMBO Journal 31 (8): 1961-74

2010

Base pairing small RNAs and their roles in global regulatory networks

Beisel CL, Storz G (2010)

FEMS Microbiology Reviews 34 (5): 866-82

2009

Synthetic control of a fitness tradeoff in yeast nitrogen metabolism

Bayer TS, Hoff KG, Beisel CL, Lee JJ, Smolke CD (2009)

Journal of Biological Engineering 3: 1

Design Principles for Riboswitch Function

Beisel CL, Smolke CD (2009)

PLOS Computational Biology 5 (4): e1000363

2008

Model-guided design of ligand-regulated RNAi for programmable control of gene expression

Beisel CL, Bayer TS, Hoff KG, Smolke CD (2008)

Molecular Systems Biology 4: 224

2005

Conformational analysis of gossypol and its derivatives by molecular mechanics

Beisel CL, Dowd MK, Reilly PJ (2005)

Journal Of Molecular Structure: Computational and Theoretical Chemistry 730 (1-3): 51-58

2002

Cochlear whole mount in situ hybridization: identification of longitudinal and radial gradients

Judice TN, Nelson NC, Beisel CL, Delimont DC, Fritzsch B, Beisel KW (2002)

Brain Research Protocols 9 (1): 65-76