Dr. Antoine-Emmanuel Saliba
Einzelzellanalyse
Antoine-Emmanuel Saliba und seine Gruppe widmen sich der Verwendung und Entwicklung von Einzelzell-RNA-seq-Ansätzen. Sie setzen die Technologie ein, um die heterogenen Wirtsreaktionen bei Infektionen zu beleuchten und ihre Auswirkungen auf den Krankheitsverlauf zu verstehen.
Unsere Forschung
Trotz der großen Bedeutung chronischer Infektionen für die öffentliche Gesundheit ist immer noch wenig darüber bekannt, wie Teilmengen von Krankheitserregern der Immunüberwachung des Wirts entgehen und wie der Wirt die Ausbreitung der Bakterien eindämmt. Die Gruppe entwickelt und verwendet Einzelzell-Transkriptomik und rechnergestützte Ansätze, um die Mikroumgebungen der einzelnen Erreger und deren funktionelle Auswirkungen auf den Infektionsausgang zu entschlüsseln.
Team-Mitglieder

Dr. Antoine-Emmanuel Saliba
Gruppenleiter

Christophe Toussaint
Doktorand

Ehsan Vafadarnejad
Doktorand

Fabian Imdahl
Doktorand

Oliver Dietrich
Doktorand

Tobias Krammer
Doktorand

Nina DiFabion
Technische Assistentin
Publikationen
2020
Dynamics of Cardiac Neutrophil Diversity in Murine Myocardial Infarction
Vafadarnejad E, Rizzo G, Krampert L, Arampatzi P, Arias-Loza A, Nazzal Y, Rizakou A, Knochenhauer T, Bandi SR, Nugroho VA, …, Saliba AE, Cochain C (2020)
Circulation Research, 127 (9): 232-249
LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine
Rajewsky N, Almouzni G, Gorski SA, Aerts S, Amit I, Bertero MG, Bock C, Bredenoord AL, Cavalli G, Chiocca S, …, Vidal M, Voet T (2020)
Nature, 587 (7834): 377-386
Single-cell RNA-sequencing reports growth-condition-specific global transcriptomes of individual bacteria
Imdahl F, Vafadarnejad E, Homberger C, Saliba AE, Vogel J (2020)
Nature Microbiology, 5 (10): 1202
Severe COVID-19 is marked by a dysregulated myeloid cell compartment
Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, Schlickeiser S, Zhang B, Krämer B, Krammer T, Brumhard S, Bonaguro L, …, Saliba AE, Sander LE (2020)
Cell, 182 (6): 1419-1440
Eleven grand challenges in single-cell data science
Lähnemann D, Köster J, Szczurek E, McCarthy DJ, Hicks SC, Robinson MD, Vallejos CA, Campbell KR, Beerenwinkel N, Mahfouz A, …, Shah SP, Schönhuth A (2020)
Genome Biology, 21 (1): 31
Advances and challenges in single-cell RNA-seq of microbial communities
Imdahl F, Saliba A (2020)
Current Opinion in Microbiology, 57: 102-110
Tracheal brush cells release acetylcholine in response to bitter tastants for paracrine and autocrine signaling
Hollenhorst MI, Jurastow I, Nandigama R, Appenzeller S, Li L, Vogel J, Wiederhold S, Althaus M, Empting M, Altmüller J, …, Saliba AE, Krasteva-Christ G (2020)
The FASEB Journal, 34 (1): 316-332
2019
scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells
Erhard F, Baptista MA, Krammer T, Hennig T, Lange M, Arampatzi P, Jürges CS, Theis FJ, Saliba AE, Dölken L (2019)
Nature, 571 (7765): 419-423
2018
Salmonella persisters undermine host immune defenses during antibiotic treatment
Stapels DA, Hill PW, Westermann AJ, Fisher RA, Thurston TL, Saliba AE, Blommestein I, Vogel J, Helaine S (2018)
Science, 362 (6419): 1156-1160
Neonatally imprinted stromal cell subsets induce tolerogenic dendritic cells in mesenteric lymph nodes
Pezoldt J, Pasztoi M, Zou M, Wiechers C, Beckstette M, Thierry GR, Vafadarnejad E, Floess S, Arampatzi P, Buettner M, …, Saliba AE, Huehn J (2018)
Nature Communications, 9: 3903
Single-Cell RNA-Seq Reveals the Transcriptional Landscape and Heterogeneity of Aortic Macrophages in Murine Atherosclerosis
Cochain C, Vafadarnejad E, Arampatzi P, Pelisek J, Winkels H, Ley K, Wolf D, Saliba AE, Zernecke A (2018)
Circulation Research, 122 (12): 1661-1674
Atlas of the Immune Cell Repertoire in Mouse Atherosclerosis Defined by Single-Cell RNA-Sequencing and Mass Cytometry
Winkels H, Ehinger E, Vassallo M, Buscher K, Dinh HQ, Kobiyama K, Hamers AA, Cochain C, Vafadarnejad E, Saliba AE, …, Ley K, Wolf D (2018)
Circulation Research, 122 (12): 1675-1688
Genome organization and DNA accessibility control antigenic variation in trypanosomes
Müller LS, Cosentino RO, Förstner KU, Guizetti J, Wedel C, Kaplan N, Janzen CJ, Arampatzi P, Vogel J, Steinbiss S, …, Sebra RP, Siegel TN (2018)
Nature, 563 (7729): 121-125
2017
Einzelzell-RNA-Sequenzierung beleuchtet den Infektionsprozess
Saliba AE, Westermann AJ, Vogel J (2017)
BIOspektrum, 23 (5): 525-528
New RNA-seq approaches for the study of bacterial pathogens
Saliba AE, Santos SC, Vogel J (2017)
Current Opinion in Microbiology, 35: 78-87
2016
A protocol for the systematic and quantitative measurement of protein-lipid interactions using the liposome-microarray-based assay
Saliba AE, Vonkova I, Deghou S, Ceschia S, Tischer C, Kugler KG, Bork P, Ellenberg J, Gavin A (2016)
Nature Protocols, 11 (6): 1021-38
Single-cell RNA-seq ties macrophage polarization to growth rate of intracellular Salmonella
Saliba AE, Li L, Westermann AJ, Appenzeller S, Stapels DA, Schulte LN, Helaine S, Vogel J (2016)
Nature Microbiology, 2: 16206
2015
The systematic analysis of protein-lipid interactions comes of age
Saliba AE, Vonkova I, Gavin A (2015)
Nature Reviews Molecular Cell Biology, 16 (12): 753-61
Lipid Cooperativity as a General Membrane-Recruitment Principle for PH Domains
Vonkova I, Saliba AE, Deghou S, Anand K, Ceschia S, Doerks T, Galih A, Kugler KG, Maeda K, Rybin V, …, Bork P, Gavin A (2015)
Cell Reports, 12 (9): 1519-30
2014
A quantitative liposome microarray to systematically characterize protein-lipid interactions
Saliba AE, Vonkova I, Ceschia S, Findlay GM, Maeda K, Tischer C, Deghou S, van Noort V, Bork P, Pawson T, Ellenberg J, Gavin A (2014)
Nature Methods, 11 (1): 47-50
Single-cell RNA-seq: advances and future challenges
Saliba AE, Westermann AJ, Gorski SA, Vogel J (2014)
Nucleic Acids Research, 42 (14): 8845-60
2010
Microfluidic sorting and multimodal typing of cancer cells in self-assembled magnetic arrays
Saliba AE, Saias L, Psychari E, Minc N, Simon D, Bidard F, Mathiot C, Pierga J, Fraisier V, Salamero J, …, Malaquin L, Viovy J (2010)
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 107 (33): 14524-9
2009
Cellules tumorales circulantes et cancer du sein : méthodes de détection et résultats cliniques
Bidard F, Saliba AE, Saias L, Degeorges A, Cremoux Pd, Viovy J, Vincent-Salomon A, Mathiot C, Pierga J, Gramont A (2009)
Bulletin du Cancer, 96 (1): 73-86
2004
Nanotechnology serving biochips – The Toulouse example
Vieu C, Malaquin L, Thibault C, Saliba AE, Daran E, Dildan M, Carcenac F, Leberre V, Trevisiol E, François JM (2004)
Biofutur (250): 41-45