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Neuer Übersichtsartikel über RNA-seq zur Entschlüsselung von Wirt-Mikroben Interaktionen

Jörg Vogel und Alexander Westermann geben einen umfassenden Einblick in Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft der RNA-Sequenzierung im Kontext von Infektionen. Der Übersichtsartikel wurde kürzlich in Nature Reviews Genetics veröffentlicht.

Der menschliche Körper ist ständig Mikroorganismen ausgesetzt, was zu vielfältigen Interaktionen zwischen menschlichen Zellen und diversen kommensalen oder pathogenen Bakterien führt. Der jeweilige Zustand der interagierenden Zellen ist entscheidend für den Ausgang dieser Begegnungen, z. B. ob bakterielle Virulenzprogramme und Wirtsabwehr- oder Toleranzmechanismen induziert werden. Dieser Übersichtsartikel fasst zusammen, wie next generation RNA-sequencing (RNA-seq) zur vorherrschenden Technologie geworden ist, um Wirt-Mikroben-Interaktionen mit hoher Auflösung zu untersuchen und unser Verständnis der Konsequenzen für die Physiologie zu verbessern. Wir veranschaulichen, wie die Trennschärfe und Sensitivität von RNA-seq dazu beitragen, immer komplexere zelluläre Interaktionen zeitlich und räumlich bis auf die Einzelzellebene aufzulösen. Wir skizzieren auch, wie die Transkriptomik in Zukunft Antworten auf derzeit offene Fragen bei Wirt-Mikroben-Interaktionen geben und Behandlungsoptionen für bakterielle Erkrankungen aufzeigen kann.

PubliKation

Westermann, A.J., Vogel, J. (2021) Cross-species RNA-seq for deciphering host–microbe interactions. Nat Rev Genet

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Schematische Darstellung von RNA-seq in Bakterien und Wirtszellen. ©Springer Nature Limited

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